Instytut Historii włącza się aktywnie w inicjowane przez Dział ds. Osób Niepełnosprawnych (DON), a prowadzone na szeroką skalę w Uniwersytecie Jagiellońskim, działania zmierzające do znoszenia barier dla osób z niepełnosprawnościami. Główny budynek Instytutu został dostosowany do potrzeb osób z ograniczoną możliwością poruszania. Posiada on osobne wejście z poziomu parteru oraz windę i podnośnik na schodach, co umożliwia swobodny dostęp i poruszanie się po budynku. W czytelni biblioteki Instytutu zapewniono łatwy dostęp do stolików oraz zainstalowano skaner służący do odczytywania głosem syntetycznym tekstu drukowanego. W zależności od charakteru niepełnosprawności, organizowane są specjalne egzaminy dla studentów, których stopień niepełnosprawności uniemożliwia zdanie egzaminu drogą pisemną czy ustną. Studenci Instytutu, na ogólnie przyjętych zasadach, korzystają z zapomóg dla osób z niepełnosprawnościami, a także indywidualnego sposobu zaliczania zajęć.

Koordynatorem pracy z osobami z niepełnosprawnościami w Instytucie jest dr hab. Wiktor Szymborski, prof. UJ.