Początki nauczania historii w Uniwersytecie Krakowskim możemy odnaleźć już w pierwszej połowie XV wieku, czyli w niespełna 100 lat po ufundowaniu „Studium Generale" przez Kazimierza Wielkiego, i w kilkanaście lat po odnowieniu Akademii Krakowskiej przez Władysława Jagiełłę (co przeprowadzono zgodnie z wolą zmarłej królowej św. Jadwigi).
Wprowadzenie historii do programu nauczania zawdzięczamy Janowi Dąbrówce, który wykładał ją na jednym z czterech wydziałów Uniwersytetu – Wydziale Sztuk Wyzwolonych. Przez kolejne stulecia historia stanowiła raczej tło dla różnych badań, nie uzyskując charakteru odrębnej nauki. Sytuacja ta uległa zmianie pod koniec istnienia Rzeczypospolitej. W 1776 roku za sprawą reformy Uniwersytetu przeprowadzonej przez Hugona Kołłątaja, historia (wspólnie z geografią) znalazła się na wydziale nazwanym Akademia Nauk Pięknych.
Rozbiory Rzeczypospolitej uniemożliwiły dalsze reformy, lecz nie przerwały działalności Uniwersytetu. Jednocześnie mimo odgrywania decydującej roli w życiu Wolnego Miasta Krakowa, na szerszą skalę krakowska uczelnia ulegała pod względem prestiżu chociażby swojej młodszej siostrze w Wilnie. Kluczowe dla historii Uniwersytetu decyzje zostały podjęte kilkadziesiąt lat później.
Na fali przemian społeczno-politycznych, jakie zaszły w monarchii austriackiej w II połowie XIX wieku, pojawiły się nowe możliwości dla krakowskiej uczelni, a tym samym nauk historycznych. Paradoksalnie to właśnie na trudny dla Polaków okres zaborów przypadło powstanie katedry historii w Uniwersytecie Jagiellońskim. Głównym zadaniem powstałej w 1860 roku jednostki miało być – zgodnie z wolą Austriaków – nauczanie historii Austrii.
Sytuacja była jednak dynamiczna; rok później powstało Seminarium Historyczne, a w 1869 roku powołano jednostkę wyjątkową na warunki rozbiorowe, czyli katedrę historii Polski. Jej kierownictwo objął jeden z czołowych przedstawicieli środowiska stańczyków – Józef Szujski. To właśnie jego zasługą, oraz pozostałych wybitnych historyków takich jak Michał Bobrzyński, Stanisław Smolka czy Stanisław Krzyżanowski, było stworzenie nowoczesnego jak na owe czasy ujęcia polskiej historii.
Kolejne lata – tak w warunkach rozbiorowych, jak i po odzyskaniu niepodległości – jasno pokazują krakowską szkołę historyczną jako jeden z najważniejszych i najprężniej działających ośrodków na ziemiach polskich.
Zdawali sobie z tego sprawę nie tylko przyjaciele uczelni, ale również jej wrogowie. Nauczanie w Uniwersytecie zostało gwałtownie przerwane przez wybuch II wojny światowej. To właśnie wtedy – 6 listopada 1939 roku doszło do brutalnego aresztowania 183 przedstawicieli polskiej nauki, których wywieziono do niemieckich obozów koncentracyjnych Sachsenhausen, a następnie Dachau. Za sprawą akcji Sonderaktion Krakau Uniwersytet został zamknięty i zmuszony do prowadzenia działalności w sposób tajny.
Po zakończeniu niemieckiej okupacji Uniwersytet wrócił do pracy w skądinąd trudnej rzeczywistości Polski ludowej. W okresie stalinizmu autonomia uczelni została zlikwidowana, a każda dyscyplina uprawiana w Uniwersytecie podlegała ideologicznej indoktrynacji, czemu sprzeciwiała się większość profesorów. Szczególne uważnie przyglądano się historii, która z punktu widzenia partii mogła okazać się najgroźniejszą nauką w powojennej rzeczywistości. Należy jednak pamiętać, że w tym okresie doszło również do uregulowania struktur uczelni, co przyczyniło się do stworzenia współczesnego kształtu Instytutu Historii.
Od roku akademickiego 1945/46 historię wykładano w ramach Wydziału Humanistycznego. W roku 1952 utworzono Wydział Historyczny ale przetrwał on tylko do jesieni następnego roku, kiedy to włączony został do nowoutworzonego Wydziału Filozoficzno-Historycznego.
24 kwietnia 1970 roku, w ramach reformy organizacyjnej Uniwersytetu Jagiellońskiego, powołano na Wydziale Filozoficzno-Historycznym Instytut Historii. W ramach Instytutu tworzono zakłady i pracownie. Integralną częścią Instytutu Historii jest biblioteka, powstała już w 1873 roku.
Po przemianach ustrojowych w 1992 roku doszło do wyodrębnienia Wydziału Historycznego, którego największą jednostką organizacyjną jest właśnie Instytut Historii (będący zarazem jednym z największych Instytutów w skali Uniwersytetu Jagiellońskiego). Pierwszym dziekanem nowego fakultetu został Maciej Salamon, aktualnym jest Stanisław Sroka.
Z kolei pierwszym dyrektorem Instytut Historii został Józef Gierowski, zaś kolejnymi Antoni Podraza, Józef Buszko, Michał Pułaski, Mariusz Markiewicz, Wojciech Rojek, Piotr Franaszek, Stanisław Sroka, Sławomir Sprawski i obecnie – Piotr Wróbel.
Instytut Historii pozostaje jednym z najważniejszych ośrodków naukowych w Polsce.
[…] Poza wielkimi balami bywały skromniejsze spotkania, zwłaszcza w dniu św. Mikołaja, które odbywały się w naszym Zakładzie [Historii Starożytnej, który mieścił się wtedy w pałacu Pod Baranami], dysponującym większą salą. Pamiętam szczególnie jedno mikołajowe spotkanie, na którym w roli aniołka występowała pani Anna Gąsiorowska, a w roli św. Mikołaja Jerzy Turowicz, późniejsze małżeństwo. Otóż był zwyczaj, że w czasie takich zebrań studenci mieli swobodę wypowiedzi, oczywiście w pewnych granicach, i pozwalali sobie na niewinne żarciki pod adresem niektórych profesorów, co było mile widziane przez innych. I tak pamiętam, w biegu był żarcik: Kto nosi czyste kołnierzyki profesora Konopczyńskiego? Dla informacji współczesnym dodam, że nie używano wtedy kołnierzy wszytych w koszule, lecz je przypinano. Przedmiotem żarcików był również prof. Piotrowicz, którego przedstawiono jako rzymskiego Cezara, ubranego w togę z gołymi nogami, na których sterczały długie włosy. U jego stóp leżał student, a profesor jak Cezar palcem zgiętym w dół skazywał go na śmierć – czyli na „dwóję”. Gdy puszczono w obieg ten rysunek, prof. Sobieski zawołał: wykapany Piotrowicz, co, oczywiście, sala przyjęła śmiechem. Innym razem prof. Kutrzeba jako rektor, w czasie zaburzeń studenckich, które spowodowały czasowe zamknięcie uniwersytetu, otrzymał na tacy klucz z czekolady. Takie były igraszki w tych czasach.[…]
Józef Wolski, Kraków przede wszystkim, Wydawnictwo Uniwersytetu Jagiellońskiego, Kraków 2002, ss.45-46.
W pierwszym rzędzie siedzą (od lewej): Ludwik Piotrowicz, Władysław Konopczyński, Stanisław Kutrzeba, Władysław Semkowicz, Roman Grodecki.
W drugim rzędzie stoją (od lewej): Józef Wolski (pierwszy), Jan Dąbrowski (czwarty).
W 2010 r. pracownicy Archiwum Uniwersytetu Jagiellońskiego zainicjowali projekt Pamięć Uniwersytetu. Jego celem jest rejestrowanie wspomnień pracowników naszego Uniwersytetu, składających się na „pamięć zbiorową” naszej Wspólnoty. Wśród kilkudziesięciu zebranych dotychczas relacji znajdują się także i wspomnienia emerytowanych pracowników naszego Instytutu.